Sie sind seine bekannteste Arbeit: Die Entwürfe in Aquarelltechnik zu den vier zum Weltkulturerbe gehörenden Bayernfenstern des Kölner Doms. Im Jahr 1844 hatte der Oberstdorfer Künstler Joseph Anton Fischer den Auftrag erhalten, den figuralen Teil der Kolossalfenster zu entwerfen als Stiftung König Ludwigs I. von Bayern zur 600-Jahr-Feier der Grundsteinlegung des Kölner Doms.
Sollte Fischer auch als Nazarener in die Kunstgeschichte eingehen, so war sein Werk dennoch weit vielschichtiger. Davon zeugen vor allem seine Skizzenbücher der Italienreisen, in denen er neben Kopien in Kirchen zahlreiche Straßenszenen wie etwa Frauen beim Waschen festhielt und sich intensiv mit römischer Kunst und der Mythologie auseinandersetzte.
Heute jährt sich nun der Todestag des Oberstdorfer Künstlers zum 150. Mal. In verschiedenen Ausstellungen soll seinem Werk gewürdigt werden. Er habe zu den großen Söhnen der Marktgemeinde gehört, der ebenso wie Johann Baptist von Schraudolph für König Ludwig I. in der Mitte des 19. Jahrhunderts tätig war, betont Kunsterzieher und zweiter Vorsitzender der Oberstdorfer Initiative Villa Jauss, Wilhelm Geierstanger.
Als Sohn der Eheleute Agnes und Joseph Fischer wird Joseph Anton Fischer im Jahr 1814 im Haus Nummer 271 in der heutigen Weststraße geboren, ein Jahr später zieht die Familie, die eine große Landwirtschaft betreibt, zunächst um in die heutige Windgasse, später dann zurück in die Weststraße.
Schon früh kristallisiert sich das Talent des Buben heraus. Ignaz Schaudolph, Vater der Kunstmalersippe der Schraudolphs, soll den jungen Fischer zunächst unterrichtet haben. Mit 16 Jahren, heißt es, kopiert der Jugendliche bereits den Flügel eines gotischen Altars, ein Jahr später fertig er Kopien eines Totentanzes von Holbein. Im gleichen Jahr kommt er nach München an die Kunstakademie. 1832 bricht Joseph Anton Fischer zu Fuß im Auftrag des Kronprinzen Maximilian nach Oberitalien auf, um die italienische Kunst des 14.
und 15. Jahrhunderts zu kopieren. Die Werke gelten als verschollen.
Ein weiterer Großauftrag folgt 1833: Im Auftrag von Professor Heinrich Hess soll der junge Mann für König Ludwig I. Entwürfe für die Glasfenster in der Maria-Hilf-Kirche in der Au in München fertigen. Das Heimatmuseum in Oberstdorf beherbergt heute zwei Kompositionsskizzen der Madonnenfiguren. Etliche Aquarellentwürfe liegen zudem in München.
1841 bricht Fischer mit 27 Jahren zur zweiten Italienreise auf, zwei Reisen folgen 1843 und 1844. In seinen Skizzenbüchern wird er Straßenszenen festhalten, porträtieren, er kopiert nicht nur in Kirchen, sondern in Museen ebenso wie in pompejanischen Villen. Erst später wendet er sich laut Geierstanger den eher "süßlichen Bildern mit religiöser Thematik" zu und geht als Nazarener in die Geschichte ein.
Im Mai 1844 beginnt er - erneut im Auftrag König Ludwig I. - seine Arbeit an den Kölner Domfenstern. Der Dombauverein in Köln beherbergt heute vier drei Meter hohe, farbige Entwürfe, die als Unterlage für die Glasmalerei dienten.
In den Folgejahren erhält Fischer etliche Aufträge aus St. Petersburg, Prag, vom Passauer Bischof für eine Kirche in England und - nicht mehr ausgeführt - für den Hochaltar des Münchner Doms. Er stirbt am 28. März 1859 in München. Bald plant man, ein großes Fischermuseum in seiner Heimatgemeinde - doch gehen beim großen Brand in Oberstdorf 1865 etliche Werke des Künstlers verloren. Einige Werke sind heute noch in Privatbesitz erhalten.